《神秘法医第三季》的剧情围绕老病理学家丹尼尔（Harrow）展开。故事起始于一名自称是丹尼尔儿子的年轻人突然死亡，丹尼尔透露他其实知道自己有一个疏远的儿子，这一消息震惊了他的亲友。丹尼尔在调查这起案件的过程中，逐渐发现自己陷入了网络犯罪、加密盗版和谋杀所构建的地下世界。

丹尼尔不仅要面对这起案件，还要处理其他多起复杂的案件。其中一起案件涉及一名名叫莫罗的医生被刺死，丹尼尔通过尸检发现莫罗大脑皮层有损伤，身体多处有挫伤，一共被刺了8刀。在深入调查后，丹尼尔与同事发现了嫌疑人乔迪，并最终将其逮捕归案。

同时，丹尼尔还在寻找自己儿子的真相。他发现儿子可能与网络犯罪有关，这让他倍感困扰。在追求真相的过程中，丹尼尔不仅要面对复杂的案件，还要面对自己内心的挣扎和抉择。他试图弄明白自己儿子的谜团，同时也努力保护身边的人不受伤害。

整个剧情紧凑且充满悬念，丹尼尔在追求真相的过程中不断面临挑战和困境，但他始终坚守自己的信念，努力揭开真相的面纱。