《GATE奇幻自卫队》的剧情发生在20XX年的东京银座，一个平凡的夏日午后，一扇神秘的“门”突然出现在繁华的街头。从这扇门后，涌出了只存在于奇幻小说和网络游戏中的法师、骑士和各种怪物，东京的街头迅速成为了他们的战场。自卫队的及时介入才稳住了局面，但这一事件给日本政府带来了巨大的损失和恶劣的影响。

自卫队决定驻扎在“门”的这一边，对另一边——异世界“特地”展开探索和搜查。另一边世界的政府也必须向日本政府作出相应的赔偿。随着自卫队的深入调查，他们发现异世界同样存在着复杂的政治格局和战争冲突。

伊丹耀司，前特殊作战群队员，成为了第三特遣队的队长，他带领队伍踏上了探索异世界的旅途。他们不仅要在异世界中生存下来，还要面对各种强大的敌人和怪物。同时，自卫队也利用现代科技和武器装备，在异世界中展现出了强大的战斗力，甚至对异世界的生活进行了改造。

在这个过程中，伊丹耀司和他的队伍与异世界的各种势力产生了交集，他们不仅要应对战争，还要处理复杂的政治关系和人际关系。