《绝夜逢生第二季》的剧情承接了第一季的结尾，幸存者们在地堡中暂时找到了避难所。然而，地堡内的资源有限，为了生存，他们必须外出寻找新的资源和希望。

第二季的主要情节围绕着幸存者们在地堡内外的生存斗争展开。一方面，他们需要面对地堡内部因资源分配和权力争夺而产生的矛盾与冲突；另一方面，他们还要应对外部环境的挑战，如寻找可以种植的种子以实现自给自足，以及应对可能来自外部的威胁。

在一次外出寻找种子的行动中，幸存者们遭遇了另一拨身份不明的角色，这使得他们的处境更加复杂。同时，地堡内的平民与军人之间的矛盾也逐渐激化，双方为了各自的利益展开了激烈的斗争。

在第二季的结尾，剧情留下了一个小彩蛋：放在户外的老鼠并没有死去，这暗示着太阳射线杀死碳基生物的时代可能已经成为过去式。这一转折为第三季的剧情埋下了伏笔，也让观众对幸存者们未来的命运充满了期待。