《神的记事本》是一部以都市奇幻为题材的日本动漫，故事发生在2011年的现代日本。

故事的主角是一位名叫藤岛鸣海的少年，他因为某种原因而搬进了一间被称为“NEET侦探事务所”的公寓。这里住着三位性格各异的女性：尼特族少女爱丽丝、天才黑客梅亚以及神秘的美女房东涅吉玛。鸣海很快发现，这三位女性并非普通人，她们各自拥有着不可思议的能力。

随着故事的发展，鸣海被卷入了一系列离奇的案件。这些案件背后都隐藏着神秘的力量和不可思议的真相。鸣海与三位女性一起，利用他们的智慧和能力，逐步揭示了这些案件背后的真相。

在这个过程中，鸣海不仅逐渐了解了三位女性的真实身份和她们背后的故事，也发现了自己身上的某种特殊能力。他开始意识到，自己与这三位女性之间，似乎有着某种不可言说的缘分。

整个故事充满了神秘、悬疑和奇幻元素，同时也探讨了现代社会中人与人之间的关系和人性的复杂性。