《机动战士高达SEED FREEDOM》设定在C.E.75年，这是一个战火未息的年代。为了应对独立运动“蓝色宇宙”的频繁侵扰，世界和平监视机构“孔帕斯”应运而生，由拉克丝担任首任总裁。孔帕斯的成员们，包括基拉等人，纷纷投身各地的战斗，力求平息事态。

新兴国家“芬德申”提出了对“蓝色宇宙”大本营的联合作战计划，孔帕斯成员积极响应。随着战斗的深入，各种未知势力逐渐浮出水面，世界的格局也在悄然发生变化。

在这部电影中，观众将见证一场场激烈的机战，感受到战士们的热血与信念。同时，影片也探讨了战争、和平与人性等深刻主题，引人深思。