《机动战士高达SEED FREEDOM》剧情发生在C.E.75年，战争依旧肆虐。独立运动“蓝色宇宙”的频繁活动，让世界陷入动荡。为了维护和平，以拉克丝为首任总裁的世界和平监视组织——COMPASS应运而生。基拉等人作为组织成员，被派遣至各地介入战斗，企图平息纷争。

此时，新兴国家“凡恩戴森”提出了对“蓝色宇宙”据点的联合作战计划。随着战斗的深入，基拉和拉克丝逐渐发现了隐藏在战争背后的阴谋。他们不仅要面对强大的敌人，还要面对内心的挣扎和选择。在激战与抉择中，他们逐渐找到了属于自己的道路，并努力为世界带来真正的和平。