《名侦探柯南：百万美元的五棱星》的剧情设定在繁华的北海道函馆。故事以一颗价值百万美元的五棱星为线索，展开了一场错综复杂的解谜游戏。这颗神秘的五棱星不仅是某次国际珠宝展的焦点展品，更牵扯到一场跨国犯罪团伙的阴谋。

柯南，即高中生侦探工藤新一，在身体缩小成小学生的模样后，继续他的侦探生涯。这次，他携手毛利兰、毛利小五郎等熟悉的面孔，以及新角色怪盗基德和服部平次，共同揭开五棱星背后的秘密。

在函馆这座美丽的城市中，柯南一行人不仅要面对狡猾的罪犯，还要解开一个个看似无关紧要的谜题，最终揭露犯罪团伙的真实目的，并成功保护五棱星不被窃取。整个剧情紧张刺激，充满悬念，展现了柯南超凡的推理能力和勇气。