《黄金神威：北海道刺青囚犯争夺篇》的剧情紧凑且充满冒险色彩。故事发生在明治末期的北海道，这是一个淘金热潮盛行的时代。原军人杉元佐一，因在日俄战争中的英勇表现而被冠以“不死之身杉元”的称号，他每日每夜都在北海道淘金，希望获得巨款实现某个目的。在此过程中，杉元得知阿依努民族曾被夺走过大量金块，而夺走金块的男子“野箆坊”在被捕前将金块藏在了某个地方，并在24名囚犯的身体上刻下写有金块情况的刺青后让他们越狱，这些刺青将囚犯们全员变成了一整个暗号。

与此同时，阿依努族少女阿希莉帕救下了被野生棕熊袭击的杉元，而她的父亲正是被夺走金块的男子杀害。盯上金块的杉元与想为父报仇的阿希莉帕决定联手行动。然而，他们的行动并非一帆风顺，大日本帝国陆军“第七师团”的鹤见笃四郎中尉以及新选组的“鬼之副长”土方岁三也盯上了这批金块，三方势力在北海道展开了激烈的争夺战。