《决斗大师LOST ～追忆的水晶～》的剧情围绕着失去所有过去记忆的主人公斩札温展开。温在东京新宿生活，这里经常发生突然消失的奇怪事件。他开始了平凡的高中生活和打工生涯，但始终无法适应周围的人和环境。与同班同学尼伊卡以及朋友们，温常常在夜晚的公园里度过郁闷的时光。

某一天，温遇到了一位神秘转校生克里斯塔，她声称自己了解温的一切。随着故事的深入，温开始探索自己的身世之谜，并逐渐发现这个世界隐藏着更大的秘密。他身边的朋友和敌人，都似乎与他的过去有着千丝万缕的联系。

与此同时，世界崩溃的脚步声渐渐接近，温必须面对自己隐藏的过去，以及那些试图利用他力量的敌人。在危机四伏的环境中，温不断战斗，逐渐成长为一个真正的决斗大师。他不仅要找回自己的记忆，还要保护身边的人，阻止世界的崩溃。

在这段充满挑战和冒险的旅程中，温的友情、勇气和决心都得到了考验，而他也逐渐明白了自己真正的使命和追求。