《密电风云》的剧情围绕着抗日战争时期的一场惊心动魄的情报战展开。

日军大本营制定了一项最高绝密军事计划，然而，这一计划的蛛丝马迹被交通部密电破译专家秦汉杰偶然捕捉到。这一发现迅速为秦汉杰带来了一系列杀身之祸，日特机关施展离间计，误导军统、中统当局追杀他，同时，内部的奸细也千方百计想要置他于死地。

秦汉杰在九死一生中忍辱负重，为了揭露日本间谍“山鬼”和“铜冰鉴”，并弄清日军大本营的“俳句计划”，他接受了中共地下党员晋云波和古丽的帮助，加入了“五人行动小组”，前往武汉和上海。在这一路上，他们历经生死考验，终于清除了暗藏的内奸，秦汉杰也与热恋的女友戚兰婷重归于好。

然而，老奸巨猾的日特机关头子犬养布置了一个更大的阴谋，在上海等待着他们的到来。秦汉杰孤胆深入敌穴，与犬养展开了一场斗智斗勇的较量，最终在晋云波和古丽的配合下，手刃“山鬼”美智子，让犬养血溅戏台，顺利拿到了密电码本，破译了日军即将偷袭珍珠港的绝密情报。