《少林武王》的剧情发生在明朝末年，时局动荡，内有奸臣当道，外有倭寇横行。戚家军，由大将戚继光和兵部侍郎戚继宇联手组建，在对抗倭寇的战斗中屡建奇功，威名远扬。然而，倭寇首领大岛正雄并不甘心失败，他重金贿赂了朝中司礼大太监童大宝。童大宝本就是贪赃枉法之人，他意图将戚家军收编为自己的私人武装，但被戚继光和戚继宇拒绝，双方因此结怨。

在大岛正雄的授意下，童大宝向皇帝进谗言，以图谋造反的罪名意图解散戚家军。戚家因此遭遇灭门之灾，唯一幸存的后人戚少正被北少林至一方丈所救，并取法名昙志。昙志在北少林苦练武功，立志为家族报仇。然而，藏身北少林的汪洋大盗昙非为求荣华富贵下山告密，童大宝骗得御旨火烧北少林。

在至一方丈临终前，他将戚家军状告童大宝勾结倭寇的血书交给昙志，命武僧昙谦护送其投奔南少林。在逃亡过程中，昙志历经重重困难，最终凭借少林武功手刃奸臣，报国恨家仇。