《爆丸小子》的剧情发生在宇宙历元年，此时地球上的所有人都在大肆庆祝这一特殊的时刻。在北武市，平时热闹非凡的海滩上却显得空空荡荡，只有一个名叫周毅火的少年孤单地坐在那里。他正通过一种机器装置与他的海豚朋友KIMMY聊天，诉说着自己的烦恼——成绩下降，物理考试不及格，父母也因此不带他去参加盛大的庆祝活动。

就在这时，几道剧烈的光亮吸引了他的注意。他好奇地追寻着光亮，发现它们是从邻居楠博士的房间中传出的。楠博士是一个被称为疯狂科学家的角色，他正在进行一项神秘的实验。实验中，一张古老而神秘的卡片引起了周毅火的注意。博士通过一种装置给卡片注入了六种颜色的能量，卡片突然巨变，被激活后打开了一道空间之门，将楠博士吸了进去，消失得无影无踪。

周毅火偷偷进入博士的房间，捡起了那张卡片。就在这时，天空中散落下无数的卡片，只有一些好奇贪玩的孩子将它们捡起来收藏，其中包括周毅火的好友阿佑。之后，周毅火和阿佑发现，将卡片与流行的玩具爆丸放在一起，爆丸竟被赋予了生命和思想，可以变成巨大的机器人进行对战。于是，他们开始到处收集卡片，并找人进行爆丸对战，但与此同时，他们居住的城市环境却逐渐变得恶劣。