《男花匠与女经理》的剧情围绕四川女孩何秀展开。何秀大学毕业后，满怀期待地从四川飞往上海，计划与相恋多年的男友西康完婚。然而，在飞机上，她偶遇了上海“简氏”公司创始人之子简波，两人因包相似而拿错，结下了不解之缘。

见面后，西康却突然提出分手，谎称自己身患绝症，何秀伤心欲绝。后来，她发现西康其实另有所爱，对方是一位富家千金简盈。何秀欲寻短见，却遭遇车祸，并在昏迷期间失去了所有头发。

为了在上海生存并保住工作，何秀化名“马赫”，开始了女扮男装的生活，并在简波的公司担任花匠。她凭借出色的商业才能，不仅帮助简波挫败了西康窃取公司资金的阴谋，还无意中得到了生发土方，挽救了“简氏”公司的危机。

在此期间，何秀与简波之间产生了深厚的感情。然而，当何秀在简波家帮忙时，意外发现简波的妹妹的未婚夫竟是西康，她决定离开简波的公司。经过一番波折，简波最终发现了马赫的真实身份，并挽留了她。两人在共同经历了一系列事件后，收获了真爱。