在电视剧《零号特工》中，故事发生在1940年代的上海与延安。上海在日本侵略者的控制下，中共地下组织因奸细出卖而遭到严重破坏。延安总部决定派遣一批红色特工前往上海，重建被破坏的地下组织。男主人公零号特工，作为其中的佼佼者，接受了这一艰巨任务。

零号特工在延安以小学老师的身份作为掩护，后奉命前往上海。他机智勇敢地突破了国民党及日本特工的重重阻扰与追杀，历经艰险，终于重新恢复了地下联络点，为中共地下党在上海的斗争提供了新的希望。

在完成任务的过程中，零号特工与军统的二号人物湖蓝，以及中统的特工展开了激烈的斗争。湖蓝表面上是马帮头目和富商，实际上却是军统的重要人物，对零号特工构成了极大的威胁。而中统的特工也在暗中蠢蠢欲动，企图破坏中共地下组织的重建工作。

最终，零号特工凭借坚定的信念和出色的智慧，成功挫败了敌人的阴谋，为中共地下党在上海的斗争作出了重要贡献。