《疯狂外星人》的剧情围绕着一名名叫小欧的波星人展开。小欧作为他所在星球上最出色的探测员，肩负着寻找新居住地的使命。然而，意外之下，他的飞船坠毁在了地球，并遇到了热爱冒险的地球女孩小钱。

小欧原本计划悄悄修好飞船，尽快返回自己的星球，避免与地球人发生接触。但小钱发现了小欧，并出于好奇决定帮助他。随着两人共同经历了一系列滑稽又惊险的冒险，他们渐渐建立起深厚的友谊。小欧也逐渐认识到，地球并非他原本想象中那样充满危险，而是充满了生机与美好。

电影的高潮部分，小欧和小钱携手对抗那些想要侵略地球的波星同胞，用智慧和勇气保卫了地球。最终，小欧虽然没能回到自己的星球，但他却找到了一个新的家，并与小钱一起，在这个蓝色星球上开启了全新的生活。