电影《神医》设定在11世纪的波斯，讲述了一位英国青年为了学习医术，隐瞒自己的天主教徒身份，混入伊斯巴罕一所仅招收穆斯林和犹太人的医学院。在这所学院里，他遇见了历史上著名的犹太科学家、思想家和医生阿维森纳，成为其弟子。

阿维森纳的医术在当时被奉为经典，他的著作《哲学、科学大全》和《医典》对后世影响深远。青年在阿维森纳的指导下，不仅学到了精湛的医术，更在探索真知的道路上展现了无畏的精神。

然而，种族矛盾让这位英国青年的求学之路充满坎坷。当他试图揭示一种致命疾病的真相时，却遭到了同学的背叛和伊斯兰穆法派的追杀。在生死关头，他凭借自己的医术和智慧，成功挽救了国王的生命，也为自己赢得了生存的机会。但影片的结尾，暗示着外族入侵的危机，为观众留下了深刻的思考。