《游戏王VRAINS》是一部以虚拟现实世界为背景的动漫，讲述了主人公藤木游作在网络世界中的冒险与挑战。游作因意外卷入了一场由强大黑客组织“汉诺塔”引发的网络危机，他们利用先进的虚拟现实技术操控游戏，企图控制现实世界。

为了保卫现实世界和虚拟世界的和平，游作利用自己的编程技能和独特的游戏理解，与同伴们共同展开了一场惊心动魄的抗争。他们在虚拟世界中与汉诺塔成员展开激烈的决斗，每一场游戏都充满了智慧和策略。

随着剧情的深入，游作逐渐发现了隐藏在汉诺塔背后的更大阴谋，他们试图利用游戏控制人类的意识，实现自己的野心。为了阻止这一计划，游作和同伴们必须不断提升自己的游戏技能，解开一个个谜题，最终揭露汉诺塔的真面目，守护世界的和平与自由。