《奇幻人形宠之甜心兔妹》的剧情设定在一个充满奇幻色彩的世界。故事中的主人公原野，因“胡萝卜事件”导致父母被伤害，对人形宠抱有深深的排斥。他独自生活在城市的边缘，以开黑出租为生。一天，一个陌生人交给他一个纸箱，里面装着六只兔子。

夜幕降临，这六只兔子竟神奇地变成了六个少女。原野本欲丢弃她们，却因种种原因未能成功。此时，一个名为尤里先生的组织得知了兔精的下落，他们计划利用各种手段将兔精置于死地。

在与兔精的相处中，原野逐渐改变了对她们的看法，甚至产生了微妙的情感。最终，为了保护兔精，原野决定与尤里组织展开斗争，完成了自我救赎。在这个过程中，兔精们将她们的神力传给了原野，随后消失，留下原野独自面对未来的挑战。