《座头市千两首》的剧情紧凑而引人入胜。影片开篇，座头市，一位盲眼却剑法高强的武士，因三年前误杀吉藏而心怀愧疚，来到板仓村欲为吉藏上香。然而，板仓村正因连续三年的歉收而无法上缴年贡。当村民们好不容易筹集到的三千两年贡在运送途中被不明身份的抢匪劫走后，吉藏的妹妹千代误将嫌疑指向了座头市。

与此同时，当地黑帮“国定忠治”一家也在逃亡中，成为了村民们怀疑的另一对象。为了证明自己的清白，并找出真正的劫匪，座头市决定孤身前往赤城山，寻找“国定忠治”的踪迹。在这一过程中，座头市不仅要面对各种艰难险阻，还要用他高超的剑法，逐一解决挡在他面前的敌人。