《奇迹探长之隐秘危机》的剧情发生在一个看似平静却暗藏危机的时刻。主角阿逗，一个梦想成为侦探小说家的现代青年，在图书馆查阅旧资料时意外卷入了一场神秘事件。他目睹了一个受伤的人和一个诡异的箱子，紧接着被两名黑衣人追赶。在混乱中，阿逗竟然穿越到了1947年的民国时期的德清。

在这个陌生的时代，阿逗不得不与当地的王警长联手，开始了一段惊心动魄的破案之旅。他们先后破获了商会会长离奇死亡案和千金大小姐被绑架案，每个案件都充满了悬疑和惊险。在这个过程中，阿逗不仅锻炼了自己的侦探技能，也深刻体会到了人性的复杂和时代的变迁。

随着案件的深入，阿逗逐渐揭开了隐藏在背后的巨大阴谋，并用自己的智慧和勇气化解了危机，拯救了无辜的百姓。最终，他找到了回到现代的方法，带着满满的收获和感悟回到了自己的时代。